C'est la veille de Pentecôte, les religieux préparent un reposoir dans l'église abbatiale, près de la grille du chœur, du côté de l'évangile. Aux vêpres de ce samedi, le prieur y dépose solennellement le reliquaire ostensoir contenant un doigt de Sainte-Agathe dans un tube de cristal... et au-dessus, dans une lunule d'argent, deux hosties consacrées à la messe du matin. Sur la table, le sacristain place deux lampes de verre allumées et deux chandeliers d'étain.
Dès le 17e siècle, les dévotions, célébrations, pèlerinages (à Pentecôte)... se développent autour des Saintes Hosties de Faverney.
Un certain nombre d'événements de l'histoire de la cité y sont directement rattachés. Heureux événements (une paralytique est guérie durant la procession de Pentecôte de 1666, des incendies sont arrêtés par la Sainte-Hostie portée en procession en 1726 et en 1753...) ou malheurs (en 1746, près de cent pèlerins se noient quand le bac qui devait leur permettre de traverser la Lanterne coule au fond de la rivière !).