L'histoire de cette petite cité de 964 habitants, prise entre la Saône et la Lanterne, visible de loin avec ses deux clochers est construite autour de son abbaye dont l'histoire remonte au VIe siècle avant Jésus-Christ.
En 1608, le jour de la Pentecôte, un miracle se produisit. L’incendie du reposoir de l’église abbatiale épargna l’ostensoir contenant deux hosties. Pendant trente-trois heures, il resta suspendu dans l’air. Rien ne put expliquer les raisons de son élévation. L’Eglise convint d’un miracle. Depuis, les pélerins affluent à Faverney et aujourd’hui sont encore nombreux à célébrer la Pentecôte et la tradition religieuse se conjugue alors habilement aux festivités locales.
Fondée au VIIIe siècle, l’abbaye accueillit d’abord des moniales puis, dans le courant du XIe siècle, des bénédictins de la Chaise-Dieu. L’église paroissiale garde la Sainte-Hostie. Son porche gothique donne sur une nef à piliers ronds, carrés et octogonaux. Rénové au XVIIIe siècle, le cloître rappelle délibérément cette époque. Le pont des Bénédictins ouvre sur la ville en enjambant de ses neuf arches la rivière La Lanterne. Les bords de La Lanterne et du canal donnent à Faverney un cachet romantique. De plaisants ouvrages d’architecture renforcent l’attrait du bourg labellisé « Cité de Caractère de Bourgogne-Franche-Comté »
